Chine, Xème siècle, Dynastie Tang. De retour à la Cité interdite après une longue absence, l'Empereur découvre qu'un complot se trame au coeur même de son palais. Les dangereuses alliances et les manipulations des conspirateurs n'ont qu'un seul but : prendre le pouvoir du plus grand Empire au monde.
Dix ans après Clerks, revoici nos employés modèles, Dante Hicks et Randal Graves, désormais contraints de travailler dans un fast-food... Avec l'humour dévastateur qui les caractérise, ils se permettent toujours les mêmes remarques salaces avec la clientèle tout en débattant pendant des heures sur le statut de George Lucas par rapport à Peter Jackson et même Jésus-Christ!
Rien ne semble donc avoir changé? jusqu'au jour où Dante annonce à son copain qu'il s'apprête à quitter la ville pour se marier... Randal organise alors une fête d'adieu, mais les événements prennent une telle tournure que les flics et les pompiers ne tardent pas à rappliquer..
Loki et Bartleby, deux anges déchus, cherchent à retourner au Paradis. Mais si les deux rénégats parviennent à leur fin, cela signe la fin de la vie sur Terre. La charmante Bethany est chargée par Metatron, la voix de Dieu, d'empêcher les deux lascars de réaliser leur projet en pénétrant dans une église consacrée du New Jersey. Pour la seconder, elle est accompagnée de deux incroyables prophètes, d'un prétendu treizième apôtre et d'une muse céleste.